对畜禽粪便进行高温好氧发酵是一种恶臭少、节省能源的处理方法。高温好氧发酵罐采用容器堆肥方式将混合物料置于罐体内部进行腐熟发酵，通过高温好氧发酵罐加工发酵后的物料可作为有机肥原料、园林绿化，实现资源化利用。
发酵过程分为：堆肥、升温、翻抛、无臭、松散、成肥。堆肥时畜禽粪便80%，秸杆20%，粉碎混合。秸秆与粪便的掺入比例可根据粪便含水量而定。一般发酵要求65%的含水量，也就是手捏成团，手指缝见水，但不滴水，松手一解即散。然后添加玉米面或者红糖和菌种，用是增加糖分，供菌种发酵用，使多维复合酶菌很快占优势。将配好的混合料加入搅拌机进行搅拌，搅拌一定要匀，要透，不留生块。
堆肥发酵翻堆机堆肥过程主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主体。参与堆肥的微生物有两个来源：一是有机废弃物里面原有的大量微生物；另一是人工加入的微生物接种剂。这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。